Ўзбекистон мустақилликка эришгунга қадар қурилган Қўқон аэропорти қисқа масофали аэропорт сифатида фойдаланилган. 2000 йилларнинг бошида у фуқаро авиацияси самолётларини қабул қилишни тўхтатганди.
Аэропортда учиш-қўниш йўлаги 2000 метргача узайтирилди ҳамда А320 ва АТR72-600 русумли самолётлар учун иккита тўхташ жойига эга перрон реконструкция қилинди. Шунингдек, аэропортда 100 кишига мўлжалланган 900 кв/м майдонли янги йўловчи терминали қурилди.
Uzbekistan Airways авиакомпаниясининг тажрибали учувчилари томонидан Тошкент–Қўқон йўналиши бўйича амалга оширилган техник парвоз аэродромнинг самолётларни қабул қилиш ва қўйиб юборишга ҳамда йўловчиларни қабул қилиш ва уларга хизмат кўрсатиш терминали тўлиқ тайёрлигини кўрсатди.
Мунтазам парвозларни 2024 йил 1 апрелдан бошлаш режалаштирилган.
